Las quebradas que rodean la meseta en donde se construye el NAIQ están cubiertas de bosques húmedos que no se encuentran comúnmente a estas altitudes en el valle interandino.  Además, hay una serie de manantiales que brotan desde los costados de las quebradas. 

El resultado de ello es un ecosistema que no es común en las quebradas que se encuentran dentro del Distrito Metropolitano de Quito y que constituye el hábitat de varias especies endémicas.

Estas quebradas son el hogar de la preñadilla y la rana marsupial, dos animales que aparecen en la lista de especies en peligro de la IUCN. 

En consecuencia, Quiport ha venido realizando un monitoreo semestral (en la estación húmeda y la estación seca) de la flora y fauna existentes en estas quebradas y ha llevado a cabo estudios específicos para garantizar que se incluyan mecanismos de protección en los diseños, la construcción y las operaciones del aeropuerto, de manera que el hábitat de las quebradas que alberga a la preñadilla y la rana marsupial se vea mínimamente afectado por el futuro desarrollo del aeropuerto.

En un esfuerzo por promover actividades de conservación regional, Quiport ha brindado asistencia a la Municipalidad de Quito en la preparación de una propuesta para establecer un bosque protegido en tres áreas clave en las cercanías del NAIQ: (1) en las quebradas que rodean al NAIQ, 2) en dos áreas de conservación previamente definidas en la meseta donde se está construyendo el aeropuerto, y 3) en un área de amortiguación de 100 metros en el borde de la meseta. 

Declarar a estas áreas como protegidas será un gran paso para asegurar que las futuras generaciones puedan disfrutar de una de las pocas áreas de la región donde aún existe la vegetación nativa.  Además, se ha propuesto la creación de senderos para caminatas y estaciones biológicas en las quebradas para dar áreas de distracción a las familias y brindar a las universidades locales oportunidades de investigación. 

Las áreas en la zona de amortiguación serán usadas para programas de revegetación y compensación de especies de plantas nativas retiradas durante la fase de construcción, en tanto que las áreas de conservación constituyen un hábitat apropiado para la reubicación de los búhos nativos (búho enterrador).

Antes de iniciar las obras de construcción en el sitio, los biólogos del Proyecto llevaron a cabo primeramente un estudio para determinar si está presente alguna especie indicadora o endémica. 

Esas especies, si son detectadas, son luego reubicadas en áreas designadas en otros lugares de la meseta del NAIQ en un esfuerzo por limitar el impacto sobre la biodiversidad del sitio. 

El búho local (búho enterrador) (Athene cunicularia) y el cactus (Cleistocactus sepium var. veintimigliae, Opuntia bakeri y Opuntia soederstromiana) son ejemplos de las especies reubicadas.

Quiport ha desarrollado una propuesta de asistencia técnica para la planificación del uso de la tierra sobre la base de las recientes actualizaciones de los modelos de ruido para las operaciones del aeropuerto.

Esta propuesta servirá a la Dirección de Planificación del Municipio para desarrollar una planificación urbana compatible para las áreas que rodean al NAIQ, con el objetivo primordial de limitar el asentamiento de receptores sensibles dentro de un radio de ruido de 65 dB(A).

Las recientes actualizaciones de los modelos de calidad del aire para el NAIQ sugieren que se deben desarrollar medidas de mitigación para reducir las emisiones de óxido de nitrógeno (que es un subproducto de los motores de combustión interna). Como resultado de ello, Quiport ha respondido con una estrategia para limitar la producción de emisiones de NOx.

Esta estrategia, desarrollada en fases desde el 2010 hasta el 2020, incorpora una política de edad máxima de los motores para vehículos terrestres y equipos de servicio en tierra, la definición de los límites de cumplimiento de NOx para los vehículos y los equipos de servicio en tierra (actualmente no existen en el Ecuador), el reemplazo gradual por fases de los equipos a diesel por otros de gasolina o combustibles alternativos, el uso de sistema de post-combustión y el cumplimiento con los procedimientos operativos de la autoridad de aviación civil internacional.

Se ha desarrollado un Plan de Manejo de Aguas de Lluvia para la fase operativa del NAIQ.  Este plan contempla métodos de control de las fuentes y tratamiento tanto para aguas residuales como para aguas de lluvia, que se aplicarán en el sitio, juntamente con los requisitos de mantenimiento, capacitación y monitoreo.

Como parte de este plan, se llevó a cabo una serie de estudios incluyendo una evaluación hidrológica e hidrogeológica, un estudio de manejo de aguas de lluvia y aguas residuales y una evaluación de riesgo de la vida silvestre a las actividades operacionales aeroportuarias, para desarrollar una serie de Mejores Prácticas Gerenciales que deberán ser implementadas.

Hasta ahora, el manejo del polvo ha sido, sin duda, el mayor desafío en cuanto a medio ambiente, salud y seguridad en el Proyecto, debido a las condiciones áridas y ventosas y a la fina ceniza volcánica que se ha depositado durante cientos de años.  No obstante, se ha empleado una variedad de medidas de mitigación para tratar el tema del polvo.  Actualmente, estas medidas incluyen:

• Aplicación diaria de agua a través de:
• Más de una docena de tanqueros de agua
• 6 kilómetros de aspersores móviles
• Aplicación de supresores de polvo
• Revegetación de algunas áreas después de la nivelación final (205.597 metros cuadrados hasta febrero de 2009)
• Colocación de grava en algunas áreas después de la nivelación final (7.151 metros cuadrados hasta febrero de 2009)
• Establecimiento de 15 puntos de monitoreo a lo largo del sitio y en áreas adyacentes.
  

Tanto en el NAIQ como en el actual Aeropuerto Internacional Mariscal Sucre (AIMS) se llevan a cabo actividades de monitoreo e inspección para verificar el cumplimiento.

En el AIMS se monitorea lo siguiente:

• ruido
• calidad de las aguas residuales
• emisiones al aire provenientes de fuentes fijas
• calidad del agua subterránea de los 15 pozos de monitoreo
• generación de desechos sólidos y peligrosos
• calidad del suelo
• control de vida silvestre
• almacenamiento de productos químicos y combustible

En el NAIQ se monitorea lo siguiente:

• ruido
• polvo
• calidad del agua potable y de las aguas residuales
• emisiones al aire provenientes de fuentes fijas y móviles
• generación de desechos sólidos y peligrosos
• calidad del suelo
• calidad de las aguas subterráneas de los 5 pozos actuales (se perforarán 3 más en el futuro)
• aspectos biológicos (en la meseta y las quebradas circundantes)
• almacenamiento de productos químicos y combustibles